影響電泳分離的主要因素：
1. 待分離生物大分子的性質(zhì)：待分離生物大分子所帶的電荷、分子大小和 性質(zhì)都會對電泳有明顯影響。一般來說，子帶的電荷量越大、直徑越小、形狀 越接近球形，則其電泳遷移速度越快。
2. 緩沖液的性質(zhì)：緩沖液的 pH 值會影響待分離生物大分子的解離程度， 從而對其帶電性質(zhì)產(chǎn)生影響，溶液 pH 值距離其等電點(diǎn)愈遠(yuǎn)，其所帶凈電荷量 就越大，電泳的速度也就越大，尤其對于蛋白質(zhì)等兩性分子，緩沖液 pH 還會 影響到其電泳方向，當(dāng)緩沖液 pH 大于蛋白質(zhì)分子的等電點(diǎn)，蛋白質(zhì)分子帶負(fù) 電荷， 其電泳的方向是指向正極。 為了保持電泳過程中待分離生物大分子的電 荷以及緩沖液 pH 值的穩(wěn)定性， 緩沖液通常要保持一定的離子強(qiáng)度， 一般在 0.02 －0.2，離子強(qiáng)度過低，則緩沖能力差，但如果離子強(qiáng)度過高，會在待分離分 子周圍形成較強(qiáng)的帶相反電荷的離子擴(kuò)散層（即離子氛） ，由于離子氛與待分 離分子的移動(dòng)方向相反，它們之間產(chǎn)生了靜電引力，因而引起電泳速度降低。 另外緩沖液的粘度也會對電泳速度產(chǎn)生影響。
3. 電場強(qiáng)度：電場強(qiáng)度（V/cm）是每厘米的電位降，也稱電位梯度。電 場強(qiáng)度越大， 電泳速度越快。 但增大電場強(qiáng)度會引起通過介質(zhì)的電流強(qiáng)度增大， 而造成電泳過程產(chǎn)生的熱量增大。電流在介質(zhì)中所做的功（W）為：W=I2.R.t 式中：I 為電流強(qiáng)度，R 為電阻，t 為電泳時(shí)間。 電流所作的功絕大部分都轉(zhuǎn)換為熱， 因而引起介質(zhì)溫度升高， 這會造成很 多影響： 1、 樣品和緩沖離子擴(kuò)散速度增加，引起樣品分離帶的加寬； 2、 產(chǎn)生對流，引起待分離物的混合； 3、 如果樣品對熱敏感，會引起蛋白變性； 4、 引起介質(zhì)粘度降低、電阻下降等等。電泳中產(chǎn)生的熱通常是由中心向外周 散發(fā)的，所以介質(zhì)中心溫度一般要高于外周，尤其是管狀電泳，由此引起中央 部分介質(zhì)相對于外周部分粘度下降，摩擦系數(shù)減小，電泳遷移速度增大，由于 中央部分的電泳速度比邊緣快，所以電泳分離帶通常呈弓型。降低電流強(qiáng)度， 可以減小生熱， 但會延長電泳時(shí)間， 引起待分離生物大分子擴(kuò)散的增加而影響 分離效果。 所以電泳實(shí)驗(yàn)中要選擇適當(dāng)?shù)碾妶鰪?qiáng)度， 同時(shí)可以適當(dāng)冷卻降低溫 度以獲得較好的分離效果。
4. 電滲：液體在電場中，對于固體支持介質(zhì)的相對移動(dòng)，稱為電滲現(xiàn)象。 由于支持介質(zhì)表面可能會存在一些帶電基團(tuán)， 如濾紙表面通常有一些羧基， 瓊 脂可能會含有一些硫酸基，而玻璃表面通常有 Si-OH 基團(tuán)等等。這些基團(tuán)電 離后會使支持介質(zhì)表面帶電， 吸附一些帶相反電荷的離子， 在電場的作用下向電極方向移動(dòng)，形成介質(zhì)表面溶液的流動(dòng)，這種現(xiàn)象就是電滲。在 pH 值高于 3 時(shí)，玻璃表面帶負(fù)電，吸附溶液中的正電離子，引起玻璃表面附近溶液層帶 正電，在電場的作用下，向負(fù)極遷移，帶動(dòng)電極液產(chǎn)生向負(fù)極的電滲流。如果 電滲方向與待分離分子電泳方向相同，則加快電泳速度；如果相反，則降低電 泳速度。
5. 支持介質(zhì)的篩孔： 支持介質(zhì)的篩孔大小對待分離生物大分子的電泳遷移速度 有明顯的影響。在篩孔大的介質(zhì)中泳動(dòng)速度快，反之，則泳動(dòng)速度慢。
關(guān)于膠回收切膠的一點(diǎn)注意事項(xiàng)：
1. 電泳的 buffer 和 gel 都是新制的， 切膠的臺子清理干凈， 刀片最好洗凈滅菌， 總之一句話就是保證切下的帶沒有外源 dna 污染。
2. 切膠是要把整個(gè)目的片斷所在位置的膠全部回收。為了減少膠的體積，可以 用相對比較薄的膠來做，只要夠點(diǎn)樣即可，也可采用薄而寬的梳子來跑膠。
3. 關(guān)于防護(hù)，在一般有機(jī)玻璃后就足夠了，戴上防護(hù)面具以保護(hù)眼睛，如果戴 樹脂眼鏡就可以了。要是非常害怕紫外照射，或者對于膠有特殊要求，例如要 求不含 EB， 可以采用點(diǎn) marker 和帶刻度的尺子一起照相的方法來確定目的條 帶在膠上的位置進(jìn)行切膠。 4. 按照正常程序點(diǎn) marker 跑膠，然后切下有 marker 的膠，EB 染色，紫外燈 下與帶刻度的尺子一起照相。由于要回收的帶與 marker 間的相對位置已知， 根據(jù)尺子來衡量未染色膠上目的帶的位置即可。 如果覺得很難判斷， 可以直接 在 marker 邊點(diǎn)少量的樣，這樣位置就容易確定了。
